2000-luvulle

Vuonna 1992 suojelupoliisi jaettiin kolmeen toimintayksikköön (turvallisuus, vastavakoilu sekä kehittäminen ja tuki). Toimintayksiköt jakautuivat toimistoihin ja muihin tulosyksiköihin. Sihteeristö toimi suoraan päällikön alaisena vuodesta 1994. 

Kansainvälinen toiminta alkoi laajentua Suomen liityttyä EU:hun vuonna 1995. EU-puheenjohtajuuskaudet (1999 ja 2006) lisäsivät suojelupoliisin työtä erityisesti turvallisuusvartioinnin alueella.  Kansainvälisyys on toki aina ollut merkittävässä asemassa suojelupoliisin työssä, mutta alkuvuosina se oli melko näkymätöntä. Pohjoismaiset yhteydet ovat tietysti vanhaa perua samoin yhteydet merkittäviin läntisiin palveluihin (USA ja Iso-Britannia). Poliisineuvos Seppo Tiitisen aikana lisättiin kahdenvälisiä yhteyksiä eri suuntiin. Eero Kekomäen aikana liityttiin kansainvälisiin yhteisöihin (mm. Bernin klubi) Seppo Nevalan aikana toiminta laajentui eri suuntiin ja Suomessa alettiin järjestää alan kokouksia.

Vuonna 1998 suojelupoliisin organisaatiota muutettiin niin, että toiminta perustui linjajakoon. Operatiiviseen linjaan kuuluivat turvallisuusyksikkö, vastavakoiluyksikkö, kenttävalvontayksikkö ja alueorganisaatio. Kehittämislinjaan kuuluivat hallintotoimisto, lausuntotoimisto, tietohallinto ja tietopalvelu. Suoraan päällikön alaisena oli esikunta.

Suojelupoliisin ensimmäinen julkinen vuosikertomus käsitteli vuotta 1994. Suojelupoliisin ensimmäinen oma historiateos (Turvallisuuspoliisi 75 vuotta) ilmestyi vuonna 1994 ja toinen vuonna 1999 (Isänmaan puolesta, Suojelupoliisi 50 vuotta).

Vuonna 2002 tuli voimaan turvallisuusselvityksiä koskeva laki. Tällöin määriteltiin lain tasolla aikaisempaa tarkemmin suojelupoliisin henkilöstöturvallisuustyö ja turvallisuusselvitykset, joita tehdään sensitiivisiin tehtäviin hakeutuvista sekä valtiolla että yksityisillä. Kommunismin uhan väistyttyä ja valvonnan siten loputtua sisäisen turvallisuuden alueella seurannan kohteina ovat 1990- ja 2000-luvuilla olleet erilaiset, pienet laittomia menetelmiä käyttävät ääriliikkeet, joista osa on ottanut toimintamallinsa ulkomailta.

Vuoden 2004 alussa toiminta jaettiin kolmeen linjaan: operatiivinen, preventiivinen ja strateginen. Operatiiviseen linjaan kuuluivat vastavakoiluyksikkö, terrorismin torjunnan yksikkö ja kenttävalvontayksikkö. Terrorismin torjuntaan liittyvien tehtävien määrä ja kansainvälinen yhteistyö olivat lisääntyneet huomattavasti New Yorkin vuoden 2001 iskujen jälkeen. Preventiiviseen linjaan kuuluivat turvallisuustyön yksikkö, missä olivat turvallisuustoimisto (turvallisuusvartiointi ja valtion sisäisen turvallisuuden asiat) sekä lausuntotoimisto.

Turvallisuusvartioinnin osuus on kasvanut suojelupoliisin toiminnassa, 2000-luvulla on erityisesti tehostettu pääministerin ja tarvittaessa muiden valtioneuvoston jäsenten henkivartiointia. Tasavallan Presidentin turvavartiointi kuuluu edelleen liikkuvalle poliisille. Alueorganisaation alueyksiköt olivat preventiivisen linjan tulosyksiköitä. Strategiseen linjaan kuuluivat hallintoyksikkö, tietohallintoyksikkö sekä tutkimus- ja kehittämisyksikkö. 

Vuonna 2005 organisaatioon lisättiin esikuntayksikkö lähinnä kansainvälisiä tehtäviä ja laillisuusvalvontaa sekä säädösvalmistelua varten. Syyskuun alusta 2007 suojelupoliisi sai tehtäväkseen huolehtia valtioneuvoston kanslian tilannekeskuspäivystyksestä.